枯萎病防治效果较差，最好是更换品种。
种子消毒：用0.1%的高锰酸钾溶液浸种8-10小时，用清水冲洗干净后，进行催芽。[2]。药剂灌根：发病初期在苗期和成株期分别用1%抗枯宁20毫升或用70%恶霉灵可湿性粉剂5克，对水10-15千克，每株50-150毫升/次，连灌2次；在开花初期至初果期选用50%多霉灵可湿性粉剂1000倍液灌根，每株200毫升/次，间隔7-10天，连灌2次；西瓜生长中后期用50%的异菌脲可湿性粉剂1000倍液灌根，每株400毫升/次。
防治枯萎病应选择嫁接和进行土壤消毒。
发病初期在苗期和成株期分别用1%抗枯宁20毫升或用70%恶霉灵可湿性粉剂5克，对水10-15千克，每株50-150毫升/次，连灌2次；在开花初期至初果期选用50%多霉灵可湿性粉剂1000倍液灌根，每株200毫升/次，间隔7-10天，连灌2次；西瓜生长中后期用50%的异菌脲可湿性粉剂1000倍液灌根，每株400毫升/次。
