西瓜疫病在西瓜幼苗、成株均可发病，危害叶、茎及果实。子叶染病先呈水浸状暗绿色圆形斑，中央逐渐变成红褐色，近地面处缢缩或枯死。真叶染病，初生暗绿色水浸状圆形或不整形病斑，迅速扩展，湿度大时，腐烂或像开水烫过，干后为淡褐色，易破碎。茎基部染病，生纺锤形水浸状暗绿色凹陷斑，包围茎部且腐烂，患部以上全部枯死。果实染病，则形成暗绿色圆形水浸状凹陷斑，后迅速扩及全果，致果实腐烂。
疫病一般侵害瓜根颈部，还可侵害叶、蔓和果实。根颈部发病初期产生暗绿色水渍状病斑，病斑迅速发展环绕茎基呈软腐状、缢缩、全株萎蔫枯死，叶片呈青枯状，维管束不变色。有时在主根中下部发病，产生类似症状，病部软腐，地上部青枯。叶部发病时产生暗绿色水渍状斑点，并迅速扩大为近圆或不规则大型黄褐色病斑，湿度大时呈全叶腐烂，干后病叶呈淡褐色极易破碎。
