苹果锈病的病菌多以菌丝体的形式在桧柏枝条上果冻，次年春形成冬包子角。之后冬孢子萌发所产生的大量小孢子感染苹果树的叶片、叶柄、果病和果实从而形成病斑。之后循环往复的发生。但有一个特点就是苹果锈病的发生必须有桧柏的存在才能完成。
苹果锈病的流行与早春的气候密切相关，降雨频繁，气温较高易诱发此病流行。相反，春天干燥，虽降雨偏多，气温较低则发病较轻。果锈病病菌，必须在转主寄主如桧柏、塔柏、圆柏、龙柏、刺柏等树上过冬，才能完成侵染循环，若苹果，海棠园或苗园地附近没有这些寄主，则不会发生此病。越冬转主寄主的存在数量较多的越冬病菌，次年发病就会较为严重。4-5月，展叶开花后，若遇阴雨连绵，降水量达到50毫米以上，则有利于病菌传播和侵染。
锈孢子在树上越冬，随风雨传播。
有越冬的冬孢子，随风雨传播侵染，流行性病害。
苹果锈病以菌丝体在桧柏、龙柏上菌瘿中越冬，翌春形成褐色的冬孢子角，冬孢子柄被有胶质，遇降雨或空气极潮湿时胶化膨大，冬孢子萌发产生大量担冬孢子，随风传播到苹果树上，锈菌侵染苹果树叶片、果实、新梢等，形成性孢子器和性孢子、锈孢子器和锈孢子。锈孢子成熟后，随风传播到桧柏上，侵害桧柏枝条，以菌丝体在桧柏病部越冬。
