水稻稻曲病只能提前施药预防。
选用抗病品种。不同水稻品种稻曲病发生程度有很大差异，因此，选用抗病品种是防治稻曲病的一项重要措施；选用无病种子。应从无病田留种，种子田一旦发现病粒，要及时摘除，深埋土中或烧埋；可结合防治恶苗病、立枯病进行种子消毒；合理施肥。
水稻稻曲病，如果要农业防治的话，首先对种子进行严格消毒处理。第二，控制化肥施用量，做到后期不严重脱肥就行。第三，在扬花期及灌浆期若遇多雨天气，可以牵绳或用长竹竿赶掉露水。
重病田实施秋翻，深埋菌核。种子消毒结合恶苗病进行。拔除病株深埋，避免病田留种。合理施肥，适时撤田水。
