可以采取物理防治和化学防治相结合。
给土壤消毒，选用抗病品种，加强棚里温湿度管理，运用综合方法进行防治。
辣椒常见的病害主要有病毒病、疫病、灰霉病、青枯病等。
大棚种植辣椒可采用地灌施药和叶面施药除害。
大棚辣椒沤根病一般在苗床或定植后的幼苗均可发病，发病初期可使秧苗幼根表面呈锈褐色，后逐渐腐烂，新根不发，导致地上茎叶变黄，植株萎蔫而死。防治措施：1、播种前应对辣椒种子进行消毒，随即用新高脂膜拌种，驱避地下病虫，隔离病毒感染，提高种子发芽率。2、畦面整平，严禁大水漫灌，浇后及时中耕，并配合喷洒新高脂膜保墒保温，防止水分蒸发，同时应避免使用大量杀菌剂之类的药剂，加重辣椒沤根病的发生。3、加强苗床温度管理，注意加大通风量，减少棚内湿度。辣椒沤根病发生初期，应及时划锄松土、提高地温，增强土壤透性。同时喷洒新高脂膜形成保护膜，防治气传性病菌的侵入。
