地块不平整、排水不良、土壤板结的地块、落差大的地块。化肥使用过量导致的酸化、盐碱化土壤条易发病。土壤有机质含量块少，土壤质黏重，砂质土、土层薄的地快容易引起番茄易发病。
开花后供给钙素不足所致。土壤过干、地温过高、氮肥过多及酸性土壤均使根系对钙的吸收受阻，都能引起此病的发生。水分供应失调也是诱发本病的原因。果实中钙含量低于0.2%时，易发病。
果实膨大所需的水分被叶片蒸腾所消耗，使得果实失水，尤其是果实内、果脐部的水分被略夺时，由于果实突然大量失水，导致生长发育受阻，形成脐腐。也有人认为，番茄不能从土壤中吸收充足的钙和硼，致使果脐部细胞的生理代谢紊乱，失去控制水分的能力而产生脐腐；或者由于土壤中氮肥过多，营养生长过旺导致土壤缺钙，果实不能及时补充所需的钙而出现脐腐，特别是当土壤中钙的浓度低于0.2%时，即会出现脐腐病。此外，土壤中镁、钾等元素过多、土壤黏重、常用酸性肥料等都会引发脐腐病。
因生长期间水分供应不足或不稳定引起的。即在花期至坐果期遇到干旱，番茄叶片蒸腾消耗增大，果实，特别是果脐部所需的大量水分被叶片夺走，导致其生长发育受阻，形成脐腐。
西红柿脐腐病的发病条件是雨水过多引起的。地块不平整、排水不良、土壤板结的地块、落差大的地块，化肥使用过量导致的酸化、盐碱化土壤条易发病。
当番茄缺水时，叶片蒸腾消耗所需的大量水分与果实进行争夺，叶片夺走输送到幼果中的水分，甚至还将幼果内的水分吸出。由于果实突然大量失水，导致生长发育受阻，形成脐腐。
此病喜高温、干旱环境。浙江及长江中下游地区主要发病盛期为5～9月。番茄的感病生育期是座果后1个月。偏施氮肥、土壤有机质少、土壤干燥、土壤含盐量高的田块发病重。年度间番茄开花结果期高干旱天气多的年份危害重。
田块间土壤中氮肥偏多，营养生长过旺导致土壤缺钙，果实不能及时得到钙的补充，能引发病害。栽培上施用未腐熟的有机肥料或施肥过重过浓引起烧根或根系发育不良，使根系的正常吸水能力受影响，均易发病。
番茄脐腐病是由水分供应失调、缺钙、缺硼等原因导致的生理性病害。一般在果穗座果之后，植株处于生育旺盛阶段。遇干旱，特别是大棚栽培的，为预防灰霉病或菌核病的发生，采取降湿栽培措施，当叶片蒸腾需消耗大量水分，导致果实，特别是脐部的水分被叶片夺走时，造成果实内部水分失调，果实的生长发育受阻，形成脐腐。
西红柿脐腐病主要是生理缺钙引起的。土壤缺钙或土壤不缺钙但忽干忽湿影响钙的吸收均易发病。番茄脐腐病发病是由于番茄植株缺钙引起的生理性病害。生理缺钙，土壤含病原体，湿度大利于传播。土壤湿度大，土壤污染和缺钙等原因。
