在病害防治范围方面，波尔多液既可防治真菌性病害，也可防治细菌性病害，而多菌灵主要防治真菌性病害。
在适用作物范围、药害以及混用限制方面，多菌灵适用作物更为广泛，可复配农药更多，且使用时不容易产生药害。
一、病害防治范围
1、波尔多液为保护性杀菌剂，主要通过释放可溶性铜离子来抑制病菌孢子萌发或菌丝生长，从而达到灭杀病菌、防治病害的作用，目前广泛应用于蔬菜、果树等多种作物，既可防治真菌性病害，也可以防治细菌性病害。
2、多菌灵是一种广谱性内吸杀菌剂，对于真菌（比如半知菌、多子囊菌）引起的病害有较好的防治效果。
二、适用范围及药害
1、波尔多液可广泛应用于蔬菜、果树、棉、麻等多种作物，但主要以果树为主。而在马铃薯、葡萄、瓜类、番茄、辣椒等作物上使用波尔多液时，容易发生药害（高温干燥环境条件下）。除此之外，桃、李、杏、白菜、莴苣、大豆、菜豆等多种作物对于铜十分敏感，应当谨慎使用。
2、多菌灵可以广泛应用于果树、蔬菜、花卉以及大田农作物，适用范围极其广泛，且一般不会产生药害。
三、混用限制
1、波尔多液为强碱性农药，一般单独使用，很少与其他药物复配使用。
2、多菌灵可与多种药物（比如丙硫多菌灵、菌核净、溴菌清、乙霉威、井冈霉素、敌磺钠、百菌清、武夷霉素、代森铵、福美双、福美锌、代森锰锌等）混合使用，但是不能与强碱性药剂或含铜药剂混用。
